Московская церковь является одной из старейших и самых крупных церквей евангельско-баптистского братства. В 1982 году она отметила столетие евангельского движения в Москве. В 1881-1882 годах книгоноши Степан Васильев и его друг Иван Бочаров начали проводить систематические евангельские чтения. В своей деятельности книгоноши столкнулись с тем, что люди считавшие себя христианами, на самом деле были совершенно незнакомы со Словом Божиим. Поэтому многие с сердечным трепетом слушали и читали Библию.
В 1903 году Ф.С. Савельев посетил Петербург. Он имел встречу с пашковцами (впоследствии евангельские христиане ) и попросил их послать в Москву проповедников Евангелия, которые преподали бы верующим святое водное крещение. Братья откликнулись на просьбу Ф.С. Савельева и послали Василия Ивановича Долгополова и Николая Яковлевича Яковлева. Служители с помощью Божией много сделали для того, чтобы члены кружка утвердились в вере во Христа и приняли Его всем сердцем. В скором времени образовалась Московская община евангельских христиан, руководителем которой был избран Ф. С. Савельев.
В 1909 году Московская община перешла на легальное положение. 23 апреля 1917 года в помещении бывшей реформатской церкви (на фото) состоялось открытие молитвенного дома евангельских христиан. Реформатская церковь к тому периоду объединяла всего лишь 20 членов, но продолжало свои служения вплоть до 1920 года.
В период советской власти церковь в Малом Вузовском переулке оставалась единственно открытым местом для богослужений (из всех церквей протестантской конфессии в Москве) на протяжении около 70 лет. Так, в 1928 году церковь приютила в своих стенах лютеранскую общину святого Михаила (община собиралась в церкви вплоть до окончательной ее ликвидации в 1933 году). В период господства атеизма в стране церковь подвергалась не только законодательным притеснениям, но и произволу местных властей. В 1937 году служебные помещения здания церкви были переданы под общежитие, рядом расположенное здание семинарии было передано под школу. В 1940 году решением тех же властей в здание церкви была переведена Московская община адвентистов седьмого дня. Но несмотря на все это церковь не прекращала своего служения. 1944 год является знаменательным для всего братства. Именно в стенах молитвенного зала произошло долгожданное объединение Союзов евангельских христиан и баптистов. Община росла и в 1946 году пришлось выстроить вдоль стен молитвенного зала две галереи на 500 мест, а перед органом существенно удлинить балкон для хора. В 60-е годы община вновь столкнулась с проблемой тесноты и обратилась с инициативой в местные органы о переселении из здания церкви жильцов в благоустроенные квартиры. В 1965 году вместе с Всесоюзным Советом евангельских христиан-баптистов были куплены три трехкомнатные квартиры в Москве за 65 000 рублей ( более 100 000 долларов США) и переданы людям, жившим в здании церкви.
Церковь заслуженно стала центром духовной жизни всего братства ЕХБ, и верующие со всех уголков страны и всего земного шара, от рабочего до президента США, находили здесь гостеприимство и радушие сердец членов церкви. Начавшееся в стране духовное пробуждение отразилось и на жизни церкви. Многие вновь образовавшиеся поместные церкви в Москве и Московской области возглавили активные члены центральной церкви. Многие христианские миссии, работающие в Москве, находят работников среди членов Московской церкви для осуществления своих программ.
