Церковь имеет развитое молодежное служение, направленное на работу с молодым поколением. Каждое воскресенье в МЦЦ проводятся молодежные общения, а один раз в месяц (каждое первое воскресенье месяца) проводится Большое молодежное богослужение, в котором принимают участие и другие церкви Московского объединения ЕХБ, выступают различные музыкальные коллективы и известные проповедники.

Кроме того, каждую неделю в стенах церкви проходят малые группы, где молодежь изучает Священное Писание, молится и общается друг с другом.

В рамках молодежного служения проводятся различные мероприятия, праздники, поездки в другие церкви и города, неформальные встречи и спортивные соревнования.

У церкви есть своя база отдыха в Опарино (Сергиево-Посадский р-н), где регулярно проходят лагеря и другие мероприятия для молодежи, детей и подростков.

Молодежь активно участвует в жизни церкви, занимается социальным служением, помогает в организации органных концертов, проводит Большие молодежные богослужения. Многие представители молодежи задействованы в хорах и других музыкальных коллективах. Существует также театральная студия «Образ», где ребята учатся служению через актерское искусство.

Цели молодежного служения МЦЦ заключаются в том, чтобы наставлять молодое поколение в истинах Священного Писания, дать ребятам возможность реализовывать свои способности для служения Богу и помогать каждому молодому христианину в его духовной жизни; также очень важно научить молодежь поклонению, личному общению с Богом, принципам изучения Библии, а также создать молодой коллектив служителей, который сможет взять на себя ответственность за духовную жизнь Церкви и поддержать возрастных служителей.